A terület a 19. század végén még a Festetics család hitbizományi birtoka volt, amely Festetics Tasziló idején a filoxéra károsultjai számára lett parcellázva. A berek és a Balaton között húzódó homokos területre szőlőjüket elvesztett zalai gazdák érkeztek, mivel úgy vélték, hogy a homokos területen a kártevő kevéssé él meg. Ez az elterjedt szőlővész nemcsak a híres csopaki, badacsonyi, füredi és zalai bortermelőket tette tönkre, de egész Európában „szőlőkáoszt” okozott. A filoxéra-vész közben eltűnt borok közül az 1968-ban kiveszettnek hitt pintesre, amelynek ma már csak szórványban lelhető csak fel egy-egy tőkéje, Németh Márton talált rá Cserkút mellett. A terület parcellázását Gróf Széchenyi Imre kormánybiztos kapta feladatul. Ez a feladatot ő szívügyének tekintette, és bravúros teljesítményének köszönhetően három-négy év alatt újra hazai és külföldi elvárásoknak is megfelelő magyar bort készíthettek a helyi gazdák.

Az idő múlásával egyre többen kezdtek fürödni is a térségben, de az első fürdőház csak az 1880-as években jött létre, az első fürdőegylet pedig csak 1902-ben alakult. A Déli Vasút Társaság is megállóhelyet létesített itt, ezt 1932-től a MÁV vette kezelésbe. Mária-telepen és Hullám-telepen egyre több szálloda, illetve panzió alakult. Divatba jött a nyaralás, 1925-ben egyesítették a két telepen lévő területet és lett Mária-telep, ezt a nevet Széchenyi gróf feleségéről, Andrássy Máriáról kapta. A kikötő később, 1969-ben készült el, amellyel egy időben és amelynek eredményeképp a kikötő keleti oldalán megkezdődött a mocsarasodás, mivel az építmények akadályozták a lerakódott iszapot elhordani képes áramlatokat. Az építés során jelentős korábban víz alatt lévő terület került feltöltésre.

A település mostani nevét, a Balatonmáriafürdőt 1927-ben kapta, majd községi rangot érdemelt ki. A második világháború hulláma a Balaton déli partján is végigsöpört, de nagyobb csatákra nem került sor. A település többször cserélt gazdát a német és a szovjet csapatok között. A németek Balatonberény vonalában ásták be magukat, így miután a szovjetek másodszor elfoglalták a települést, kitelepítették a nyaralókban bujkáló polgári lakosságot. A mai „Csatorna-parton” lévő hidakat a visszavonuló német csapatok felrobbantották, így a lakosság sokáig egy fahídon kényszerült közlekedni.

Az 1956-os események viszonylagos nyugalomban zajlottak. A forradalom hírére a 36. Műszaki Zászlóalj (Marcali) 3 katonát küldött a postán lévő telefonközpont védelmére. A „forradalmi tömeg” az állami épületeken lévő vörös csillag eltávolítása után úgy egyezett ki a helyszínen lévő katonákkal, hogy amennyiben eltávolítják sisakjaikról a vörös csillagot, nem követelik átállásukat. A zászlóalj parancsnoka - Varga Tibor őrnagy - másnap átállt a forradalom oldalára, amely tettéért megfosztották rangjától és börtönbüntetéssel sújtották.

A mai Rákóczi és Dózsa György út menti házak nagy többségéhez utcaközösségi magánlejárók tartoznak, oly módon, hogy a part menti terület osztatlan közös tulajdonban van, amelyekhez számos - még a parcellázás korából eredeteztető - szolgalmi (pl. vízmerítési, bányászati stb.) jog társulhat. Az 1960-as évekig még utcanevek sem voltak ezen a területen, mivel eredetileg a kialakított utcák a háztulajdonosok birtokához tartoztak, amelyet közös megegyezéssel alakítottak ki a könnyebb közlekedés érdekében.A lakók száma egyre nőtt, bár inkább nyugdíjasokból állt. 1918-ban 555, 1926-ban 711, majd 1944-ben 800 lakost számoltak. 1977-ben azonban az elmúlt harminc évhez képest csökkent a népesség, 2012-ben 784 főt számoltak, a lakóingatlanok száma 425 volt, üdülő ingatlanként pedig 2285 házat tartottak nyilván.1942-ben megépült a parkszálló, ekkor 2760 fő látogatót számoltak, köztük 45 külföldit.További fejlődéseknek örvendezhetett a fürdőhely, sok pénzből emeletes szállóhelyek, éttermek, üdülőházak épültek, de a legnagyobb fejlődést az 1969-ben elkészült kikötő jelentette.

A nyári időszakban rendszeresen indulnak személyszállító hajók Balatongyörökre, Szigligetre és Badacsonyba. A kikötő építésekor kialakított móló ma az egyik legnagyobb látványossága az üdülőtelepülésnek, hisz mi sem lenne kellemesebb esti program a turistáknak, mint a mólóról végignézni a csodálatos Balatoni naplementét. Emellett hangulatos központja is vonzza az arra tévedő turistákat, a hosszú bazársoroknál mindenki találhat kedvére valót. Az utóbbi időben annyira egybeolvadt Balatonkeresztúrral, hogy szinte csak a helyiek tudják, mikor melyik településen járnak.Ma is nagy iramban fejlődik Balatonmáriafürdő, két másik településsel, Balatonkeresztúrral és Balatonberénnyel közös hivataluk van. Sok a német nyelvterületről érkező vendég, egy német partnertelepülése és vendéglői is vannak. De a magyar turistákat (vagy nyaralókat) is szívesen várják a badacsonyi hegyekre és a keszthelyi öbölre néző strandhelyek.2007-ben átkerült a Fonyódi kistérségből a Marcali kistérségbe, majd 2013-ban a Marcali járás része lett.